Sau hai tập phát sóng, Điệp vụ tuyệt mật gây nên những tranh cãi khi khán giả nhận thấy xung quanh các thí sinh có nhiều vấn đề phức tạp. Ở tập 1, nếu mâu thuẫn chỉ đơn giản là sự bực dọc của Lâm Chi Khanh khi David Phạm có ý "dạy" cô cách cầm và thả lồng đèn bay lên trời, ở tập 2 căng thẳng có vẻ lên đến đỉnh điểm. 

Trong tập này, Lâm Chi Khanh tiếp tục trở thành tâm điểm khi bị nhiều thí sinh chỉ trích. Ca sĩ chuyển giới bị Hồng Quế quát tháo, Phương Mai chửi ngu vì cứ hỏi đi hỏi lại luật chơi. Lâm Chi Khanh còn bị cho là khá "đủng đỉnh" khi tham gia trò chơi. Đỉnh điểm của mâu thuẫn khiến Lâm Chi Khanh bức xúc là cô bị vu ăn cắp đồ của Nathan Lee. Lâm Chi Khanh rất bực mình và cho rằng các thí sinh ăn hiếp mình. Cô phản ứng bằng cách "dạy dỗ" các thí sinh về đối nhân xử thế cũng như cách sống hòa đồng khi ở trong tập thể. 

Sau tập 2, nhiều khán giả cho rằng Phương Mai, Hồng Quế hỗn hào, còn chương trình Điệp vụ tuyệt mật nhảm nhí, nhố nhăng khi cho thí sinh thoải mái chửi nhau trong nhà chung.

Các thí sinh tham gia thử thách trong tập 2.

Trước ý kiến của khán giả, ban tổ chức cho biết, bản chất của sự việc không nằm ở bề nổi như mọi người thấy. Những diễn biến trong chương trình không hẳn là tính cách thực sự của thí sinh, mà chỉ là cách riêng của mỗi người với mục đích không để điệp viên loại mình khỏi cuộc chơi.

Mỗi thí sinh khi tham gia chương trình đều xác định cho mình những chiến thuật và cách ứng xử của họ thực chất là để "tung hỏa mù" nhằm đánh lạc hướng của điệp viên. Nghĩa là, việc Phương Mai hay Hồng Quế nặng lời để gây mâu thuẫn với Lâm Chi Khanh thực tế không có thật mà chỉ là "chiêu" để chống lại ý đồ đen tối mà điệp viên đang cố tình giăng ra. Điệp viên là người rất cao tay khi đẩy mâu thuẫn của thí sinh lên cao trào nhằm khiến cho Lâm Chi Khanh suy nghĩ câu chuyện theo chiều hướng khác. 

Lâm Chi Khanh cũng khẳng định, có những chuyện họ không muốn nhưng vẫn buộc phải làm theo ý đồ của điệp viên. Bản thân cô và các thí sinh khác nếu muốn đi được chặng đường xa thì phải đối phó lại những tình huống phi lý mà điệp viên tạo ra để gây chia rẽ, mất đoàn kết nội bộ. "Nếu chúng tôi không thể hiện được cá tính và nhanh chóng tìm ra được nhân vật bí ẩn thì sẽ bị loại như David Phạm".

Lâm Chi Khanh cho biết, mỗi người trong số họ đang đóng một vai diễn. Cô cũng không loại trừ khả năng chính Hồng Quế hoặc Phương Mai là điệp viên. Vì vậy, cô và các thí sinh luôn dè chừng lẫn nhau. 

Lâm Chi Khanh cho biết, cô và các thí sinh đều 'diễn'.

Điệp vụ tuyệt mật là chương trình truyền hình thực tế do Cường Ngô đạo diễn. Trong mỗi tập, 12 thí sinh trải qua những thử thách hấp dẫn. Khán giả sẽ được quan sát và đánh giá về mỗi người thông qua cách họ chơi trò chơi, cũng như lối ứng xử của họ trong ngôi nhà chung. 

Hân Quy